洪秀全在花县老家得到消息说冯云山已被释放，这才觉得安全有了保障，返回紫荆山去找冯云山。正好冯云山从紫荆山去广东找洪秀全，二人在路上错过了。
回到紫荆山后，洪秀全才知道杨秀清“天父附体”的事情。这对洪秀全而言是相当震撼的，因为拜上帝教教义从根本上反对各种“邪神、妖法”，不管是《劝世良言》还是洪秀全的《原道觉世训》，都长篇大论的批判了各种中国民间的鬼神信仰，“神仙附体”的做法与一神教宗旨水火不容。
但此时杨秀清和萧朝贵已成了山民领袖，如果否定二人的言行，可能造成教内思想混乱。而且，洪秀全也搞清楚了，冯云山其实是私自脱逃，并没有当真被宣告无罪释放。洪秀全作为教主，被捕的风险仍然很高。他和冯云山都已不能再公开活动，必须要依靠杨秀清和萧朝贵这样的本地人来负责具体事务。经过反复权衡，洪秀全不得不认可了杨秀清、萧朝贵“天父天兄附体”的神迹，还进一步宣称，冯云山是上帝第三子、杨秀清是上帝第四子，杨云娇是上帝的女儿，萧朝贵是上帝的女婿，建立“上帝小家庭”理论来强化杨秀清和萧朝贵的权威。等到冯云山从广东回来，也无话可说。
此后，洪秀全和冯云山长期秘密躲藏，所有指令都需要由杨秀清和萧朝贵传达。杨秀清成了公开合法的教内事务负责人。在杨秀清领导下，拜上帝教又开始迅猛发展。到1850年初，已经发展到了两万多人。除紫荆山地区外，在广西其它州县甚至广东、湖南都建立了若干基地，并确定了各个基地的负责人，组织体系严密，严格听从冯、洪、杨、萧的统一领导和指挥。
基地多、人多，事情也就多了起来。各个基地不断与当地团练武装发生纠纷。地方团练的背后是本地宗族势力，包括士绅阶层，以及条件比较好的本地农民，是政府认可的合法民间武装，协助政府对抗天地会等反政府组织，也被本地士绅们用来对付“山民”等外来移民。拜上帝教代表了“山民”等外来移民，以及被本地宗族势力打压的其它边缘群体利益。在拜上帝教兴起之前，士绅们欺压这些边缘势力毫无困难，有了拜上帝教，底层民众就可以组织起来与保甲和团练对抗了。当年，洪秀全和冯云山在赐谷村传教效果不佳，而在紫荆山大获成功，除了他们传教方式的改变以外，另一个重要因素就是赐谷村多是本土有田有地的居民，被宗族、保甲和团练组织的很好，而紫荆山一带多山民，他们是被正统体制排除在外的社会最底层，没有被宗族吸纳和控制，因而更容易入教。
此外，广西还有一种“游民”，他们既不是本地农民，也不是在山中艰难谋生的山民，而是没有正式职业、四处游荡之人。这些人也很穷苦，但总体不如山民老实本分，其中混杂了不少偷鸡摸狗、打家劫舍之徒。
无业游民是天地会的主要会众来源。天地会除了强调保密以外，其它方面纪律松散，鱼龙混杂，有真正造反起义的，也有趁火打劫的，既对抗官府，也劫掠平民，半匪半民，无组织无信念。《金田起义调查报告》记录了一条民间口碑，对比了天地会（三合会）和拜上帝教的纪律差异，说的是：“拜三点的人，到处打家劫舍；拜上帝会的人，不抢劫、不打人、买卖公平”。
当时，天地会才是团练和政府的主要打击对象，拜上帝教则一直比较老实。乡绅团练们利用政府力量把很多拜上帝教众逮捕入狱，折磨致死，其中还包括洪秀全的表侄王维正。教众们义愤填膺，纷纷要求报仇雪恨。这种事儿摊到天地会头上，堂口大哥就带着几个兄弟直接找团练的人拼命了。拜上帝教则不同，他们有中央统一指挥，中央不让动手，下边基地就不会盲动。杨秀清和萧朝贵一直坚持利用“科炭”制度来解决问题，也就是大家筹钱行贿来解救被捕的兄弟，而不是暴力解决。当时还有各地村庄和宗族之间的械斗，拜上帝教也并不直接介入。除了偶尔砸个庙宇社坛以外，从各方面看拜上帝教都是个非常热爱和平的宗教。这样，政府一直没把它当成打击重点，广西给朝廷的汇报，始终都只讲天地会起义，而没有提到拜上帝教。
但拜上帝教的隐忍并不代表他们好欺负。实际情况正好相反，教众的组织能力和战斗力比天地会众强得多，地方团练那点实力在一神教组织体系面前就是渣渣。他们只是在等待时机，一边低调发展，一边让天地会先跟团练和政府军拼个你死我活，为此不惜忍气吞声，这是很高明的策略。
拜上帝教大约是在1849年下半年正式决定武装暴动的。此时其发展规模已经“藏不住”了，人数太多，再低调也会很快引起省政府甚至中央关注。这一年，洪秀全发布了一个“末日预言”：“在道光十三年（1850），我将遣大灾降世，凡信仰坚定不移者将得救，其不信者将有瘟疫。过了八月之后，有田不能耕，有屋不能住。”
所谓“大灾降世”，也就是要为发动大暴乱做舆论准备，到时候大革命爆发，自然“有田不能耕，有屋不能住”。
1850年这年6月，洪秀全将家人秘密从花县接到了广西基地，这是暴动实施前最后的准备了。7至8月，各分部基地陆续接到组织人员集结的指令。同时，萧朝贵负责在金田村组建总部武装。
8月底，洪秀全、杨秀清、冯云山、萧朝贵、韦昌辉、胡一晃六人在金田村开会，正式决定起义，并下达“团营令”，命各分部基地在两个月内到平山县金田村“团营”，共同举事。
起义的地点之所以被选在金田村，一个原因是韦昌辉的家在这里。韦昌辉一家是外来移民，来广西的时间久，经过几代人的努力逐渐积累了不少财富，在金田建了几个大院子。但始终进不了本地宗族的圈子。眼见韦家发达，村内其它富户联络官府准备收拾他们，隔三差五不断的来以各种理由敲诈勒索，韦昌辉的父亲前段时间刚被莫名其妙的关进监狱，交了300两银子才给放出来。
受这些事情刺激，韦昌辉和他的父亲都加入了拜上帝教，决定用全部家产支持暴动。胡以晃的情况与韦昌辉类似，也算家产比较殷实的外来户，愿意变卖家产参加革命。这样，最开始的“六巨头”中，洪秀全和冯云山是宗教领袖，代表意识形态；杨秀清和萧朝贵是山民领袖和行政负责人，代表阶级基础和组织实力；韦昌辉和胡以晃主要负责出钱，也是杨、萧的主要助手。
各地收到团营令后，立刻下令教众变卖家产，带上家人奔赴金田。这么大的动静不可能不引起注意，分部的行动大多遭到小股清军的狙击，延迟了团营的时间。但教众纪律严明，行动迅速，除了远在广东的凌十八部被清军击溃未能到达，广西各个基地的部队绝大多数都在两个月的时间内赶到了金田。个别迟到的也都只迟到了几天或者十几天。大约在十一月中旬，拜上帝教在金田完成团营，太平军诞生。
太平军成立后，没有立刻主动出击挑战团练或清军，而是在金田一带搞军事建制和训练。杨秀清和萧朝贵把有战斗力的青壮年分为五军，每个军2500人，设一个军长、副军长，下面统帅五个“先锋”，每个先锋管理500人；先锋下面又设五个百人长，各管100人。全军将士总共12500人。其它的还有一万多人则是其家属老弱。
在后勤方面，太平军在原来“科炭”制度的基础上建立了“圣库”制度：财产粮食公有，统一分配，战斗中的一起缴获都必须上交圣库，不准积累私财。太平军绝大多数都是贫苦农民，平时吃饱饭都很困难，有了圣库统一分配，吃穿暂时不用愁，可以专心军事训练。由于所有财物必须上交，也就消除了部队私自出去劫掠的利益动机，保证了军队纪律。
在之前《十款天条》的基础上，领导集体又制定了五大行军纪律：
第一条，遵守条命。也就是绝对服从来自洪、冯、杨、萧这个核心领导层的指示；
第二条，男女分开居住，分男行女行。这是有关太平军的纪律中，后世争议最大的一条，它体现了洪秀全禁止“淫邪”的宗教理念，但同时又是军事建设所必须——团营的时候大多数人都带了家属，行军打仗如果各家回各家睡觉住宿，那就不能叫正规军了，战斗力必然会受到严重削弱。总体而言，它是一条宗教思想和战争需要混合的纪律，在后边的故事中我们还会不断提到它。
第三条是秋毫莫犯。也就是不准抢掠盗窃；
第四条是各尊头目约束。也就是要服从上级；
第五条是同心合力，不得临阵退缩。这是打仗的基本要求。
就整个起义筹备过程来看，拜上帝教的组织能力惊人。在那个兵荒马乱的岁月，那种简陋落后的通讯交通条件下，分布如此遥远的两三万人抛弃家产，说走就走、说到就到，然后服从一个旗号、一个中央。这是一个不可思议的壮举，决定了他们将会比任何一个天地会组织都走得更远、成效更大。
